近亲结婚通常弊大于利，可能增加遗传疾病风险并影响后代健康。近亲结婚的弊端主要有遗传病概率升高、基因多样性降低、社会适应能力减弱、法律限制、家庭关系复杂化等，潜在优势可能包括文化传统延续和财产集中。
近亲结婚最显著的风险是隐性遗传病概率大幅上升。血缘关系越近，携带相同致病基因的概率越高，后代出现先天性缺陷或遗传疾病的概率可能达到普通人群的几倍甚至几十倍。常见遗传病如地中海贫血、白化病、血友病等更容易在近亲婚配后代中出现。基因库的狭窄化还会导致免疫系统发育受限，增加感染性疾病易感性。部分研究显示近亲结婚群体的新生儿死亡率明显高于普通群体。
从社会学角度看，近亲婚姻可能限制家庭成员的社会化发展。封闭的亲属网络会减少与外界基因交流，也可能导致子女社交圈层固化。多数国家和地区对三代以内血亲结婚有明确法律禁止，违反者可能面临婚姻无效等法律后果。家族内部通婚还可能导致亲属角色混乱，增加财产纠纷和情感矛盾的发生概率。某些文化传统中近亲结婚被视为保持血统纯正的方式，但这种做法在现代医学视角下需要谨慎评估风险。财产继承的集中化可能是部分家庭选择近亲通婚的考量因素，但需要与健康风险进行权衡。
从优生优育角度考虑，建议避免三代以内血亲通婚，婚前进行全面遗传咨询和基因检测。备孕期间应加强产前筛查，新生儿出生后需重视生长发育监测。日常生活中要注意营养均衡和定期体检，发现异常及时就医。社会层面应加强遗传病知识科普，帮助公众建立科学婚育观念。
