近亲结婚会增加后代遗传疾病和先天缺陷的概率，主要危害包括隐性遗传病高发、先天畸形风险上升、免疫系统缺陷、智力发育障碍以及多基因疾病易感性增强。
血缘关系相近的夫妻携带相同致病基因的概率显著提高，常染色体隐性遗传病如白化病、苯丙酮尿症的发病率可达非近亲婚配的数十倍。这类疾病需要父母同时传递缺陷基因才会发病，近亲婚配使子女获得双份致病基因的概率大幅上升。
近亲生育可能导致胎儿结构发育异常，常见如先天性心脏病、唇腭裂、神经管畸形等。血缘越近，胎儿在胚胎期器官形成过程中出现发育障碍的概率越高，部分畸形需要通过外科手术干预。
近亲后代出现严重联合免疫缺陷病的风险增加，这类患儿缺乏正常免疫功能，易发生反复感染。人类白细胞抗原系统多样性降低是主要原因，可能导致造血干细胞移植成为必要治疗手段。
近亲婚配子女出现智力低下、自闭症谱系障碍等神经发育问题的概率升高。多基因调控的脑功能发育过程更容易受到同源基因缺陷的影响，部分病例需长期康复训练和特殊教育支持。
糖尿病、高血压等复杂疾病在近亲后代中更早显现且程度更重。多个微效基因的累积效应在血缘相近的遗传背景下更容易突破发病阈值，这类疾病往往需要终身管理和药物控制。
从优生学角度建议避免三代以内血亲通婚，婚前进行遗传咨询和基因检测可有效评估风险。日常需加强遗传病知识科普，孕期做好产前筛查，新生儿应完成代谢病和听力等基础筛查。保持膳食营养均衡，适当运动增强体质，定期体检有助于早期发现潜在健康问题。发现异常表现应及时就医，在专业医生指导下进行干预治疗。
