近亲结婚的危害主要源于隐性等位基因的纯合概率增加，可能导致后代遗传病风险显著提升。隐性遗传病、基因多样性降低、免疫缺陷风险、生育能力下降、先天畸形概率升高是近亲婚配的五大核心危害。
当父母携带相同隐性致病基因时，后代获得双份隐性基因的概率会大幅上升。常染色体隐性遗传病如白化病、苯丙酮尿症等在近亲婚配后代中发病率可能提高数倍。这类疾病通常需要两个缺陷基因同时存在才会表现症状，而近亲间基因相似度较高，使得隐性致病基因更容易组合显现。
近亲繁殖会减少基因库的杂合度，导致后代遗传多样性不足。这种基因同质化可能削弱群体对环境变化的适应能力，增加对传染病和寄生虫的易感性。长期近亲通婚的家族可能出现体质衰退现象，表现为平均寿命缩短和抗病能力减弱。
主要组织相容性复合体基因的多样性对免疫系统功能至关重要。近亲生育可能造成免疫相关基因过于相似，导致后代免疫功能异常。这类孩子更易发生自身免疫疾病、严重感染和疫苗接种反应低下等问题。
近亲婚配后代的生育障碍发生率明显增高，包括精子活力不足、卵巢早衰等生殖系统问题。部分遗传性不育症在近亲后代中表现更为突出，这可能与多基因控制的生殖功能相关位点纯合化有关。
除典型遗传病外，近亲结婚还增加复杂先天畸形的发生风险。唇腭裂、先天性心脏病等多因素疾病在近亲后代中发病率提升，这与多个微效基因的累积效应及表观遗传修饰异常存在关联。
为降低遗传风险，建议有近亲婚配史的夫妇进行孕前遗传咨询和基因检测。孕期需加强产前筛查，包括超声检查和羊水穿刺等。日常生活中应注意营养均衡，避免接触致畸物质，定期进行儿童发育评估。发现异常发育体征应及时就医，早期干预能显著改善部分遗传病预后。保持适度运动和心理调适也有助于提升家庭应对遗传风险的能力。
